本学園では寮で生活を共にする教職員（ハウスマスター）の指導のもと、学寮生活を基本とする人間教育に取り組んでいます。共同生活を通してお互いに切磋琢磨し、自他を尊重する精神が育まれます。

寮での学習

寮では夕方６時以降の外出を禁止している為、家庭教師はもちろんのこと、塾に通うことも制限されています。
そこで、中学生には沈黙の時間に週2回英語・数学を個別に指導する先生が巡回します。また高校生には有料で英語・数学の補習を週１回ずつ受けることができます。
またピアノなどの楽器の習い事のフォローアップに音楽教室も有料で受講寮生活では濃厚な人間関係を重視して、意図的に不便さを残しています。不便だからこそ協力し合って不便さを克服しようとする、便利だと自分一人で出来てしまうので協力する機会が減ってしまうと考えるからです。

ハウスマスターとは: 茗溪学園の寮では、ハウスマスターと呼ばれる教職員が家族とともにハウスマスター室に住み、生活指導や健康管理など、あらゆる面できめ細かな助言と指導にあたります。

沈黙の時間: 毎晩決められた時間を個人学習にあてる、それが「沈黙の時間」です。毎日しっかりと学習に取り組むことで、自ら学ぶ習慣を身に付けます。（土曜日は自由時間です）
中学　19：30 ～ 21:30
高校　19：30 ～ 22:30

寮生学習サポート

中学学習サポート: 中学生の学習時間（19:30～21:30）に週2回、フロアを巡回して質問を受けます。特別な料金は取りません。また質問を受けるのは基本的に本校を卒業した筑波大の学生もしくは院生です。科目は問いません。

高校学寮有料補習: 高校生の学習時間（19:30～22:30）に希望者制で補習を行います。高校2・3年生の大学受験対策と、高校1年生の授業理解・定着を支援するためです。時間は一コマ90分（17:30～21:00）。科目は英語・数学。半年サイクルで申込をします。講師は基本的に本校を卒業した筑波大の学生もしくは院生です。料金は希望者から徴収します。